Активностите за институционално чување и презентирање на историското и културнтото наследство во Прилеп започнуваат во периодот по Втората светска војна, со формирањето на Народниот музеј во 1955 година. На почетокот, во рамките на Народниот музеј, функционира и музејот на НОБ кој прераснува во Меморијален музеј „11 Октомври 1941 година” и се уште е дел од установата. Уште во првите години од постоењето на Народниот музеј формирана е работилница за заштитно-препараторски и конзерваторски интервенции, како и фотолабораторија, кои се важни компоненти во работењето на институцијата.

Во рамките на Народниот музеј, во 1957 год. основана е првата Сликарскањ колонија во Македонија, а во 1963 година, Скулпторскиот симпозиум “Мермер”. Подоцна, во 1974 год., основано е Интернационалното студио за пластика во дрво. Исто така, како резултат на се поинтезивни истражувачки работи во областа на археологијата, во 1961 год., во рамките на Народниот музеј, поместена е и Постојана археолошка изложбена поставка. Во 1973 год., Народниот музеј, со формирањето на Музеј за тутун, отпочнува со собирање на предмети за уживање и обработка на тутун, документација, ликовни и скулптурални дела од таа област.

Во состав на Народниот музеј-Прилеп од 1979 год. впегува и Меморијалниот музеј „Кузман Јосифовски-Питу”, со постојана изложбена поставка посветен на на ликот и делото на народниот херој.

Од Народниот музеј - Прилеп во 1980 год. произлегуваат и се формираат како засебни институции: Институтот за истражување на старословенската култура и Центарот за современа уметност, кој содржи исклучителна колекција дела на уметници од целиот свет.

Во 1981 год. Народниот музеј - Прилеп, прераснува во Завод за заштита на спомениците на културата, природните реткости и Музеј. Во установата се развиваат научните дисциплини: археологија, историја, историја на уметност, етнологија, архитектура и се создадени музејски збирки со огромен број на експонати. Реализирани се голем број изложбени и културни манифестации, како и научно-истражувачки и конзерваторски проекти. Исто така, институцијата располага и со интерна библиотека, со богат книжен фонд од над 1900 книги, 1536 списанија и прирачна литература која се состои од 132 речници, енциклопедии и лексикони.

Со отворањето на Галерија на икони во 2002 год., Заводот и Музеј Прилеп го зголемува бројот на своите постојани музејски поставки, каде се изложени 66 икони и други предмети од црквите и манастирите од поширокиот прилепски регион.